红叶拒不受降，坚决抗日。
因为拒绝投降，红叶在内的六名队员被处以枪决。枪声响起，众人却发现自己并没有中枪。日本宪兵纷纷撤下，麦客和娄方跃穿着国军制服走了出来。原来这次拷打诱降也是事先设计好的考核，为了达到实战效果，事先严格保密。红叶反复追问麦客得知，小乔原来中了空包弹，并没有死。但是她因为没能经受住考验，已被开除。麦客再次提醒大家千万不要随便相信眼睛看到的东西，这是特工最基本的素质之一。众人悲愤交加。麦客宣布受训结束，正式建队，代号“幽灵行动队”。
行动队的第一个任务，就是对抗日寇的金融战，破坏他们的假币计划，锄杀五个金融汉奸。第一个行动目标：郑名扬。
女子特工队要负责锄杀5名金融汉奸之一的郑名扬。半年前，日军在香港捣毁了国民政府的法币印刷厂，印制了巨额假币，购买国统区物质，扰乱中国各地金融市场，造成的破坏不亚于军事战场，这5名大汉奸在这次假币计划中提供情报、协助日军运输假币，罪大恶极。
特工队展开了一系列的侦查活动。小青意外偶遇失散多年的道上兄弟阿黑。当年，小青是万隆帮帮主柳万龙的义女，而阿黑正是柳万龙的徒弟。因为帮派火并，柳万龙身死，小青和阿黑各自流落江湖，失去消息。阿黑现在开起了殡仪馆。再次重逢让二人分外高兴。
与此同时，梅机关头子藤原浩密切着军统在上海的动向。他吩咐行动队长三浦，用金融汉奸做钓饵，一旦军统的人出现，立即剿灭。
女特工之幽灵行动第3集剧情介绍特工队初上战场，急于立功，在队长红叶的部署下，全体出动，乔装成五名风尘女子，准备在郊外的温泉会馆干掉汉奸郑名扬。教官麦客另有任务执行，临行前麦客隐约觉得此行动过急劝告红叶行事小心。老奸巨滑的郑名扬行事谨慎小心，虽然有五位美艳女子在前，只相中了队长红叶伴随左右，手无寸铁的红叶临行之际，取走了蓝莲头发上的毒发卡。
红叶利用温泉池外蓝莲、白鸽、小青、春妮声东击西的配合，手脚利索地干掉了郑名扬，几人正欲撤退之际，遇上日本梅机关资深特务头子藤原浩养女藤原薰子的袭击，骁勇淳朴的队员春妮为了掩护撤退，中弹牺牲。首次行动虽胜也败，众队员情绪低落，教官麦客本不认同上峰暗杀计划，认为锄奸只是示威，并不是对付日军假币计划的好办法。
藤原薰子此次来上海，正是应养父之命令前来协助梅机关行动队三浦队长，根据藤原薰子的分析，判断此次行动对方应该是一支受过专业训练的特工组织，薰子对只会除奸的特工组织不以为然，认为这支队伍并无高明之处。
女特工之幽灵行动第4集剧情介绍红叶向麦客建议趁热打铁，以最快的速度完成锄奸任务，让对方短时间内无法判断他们的目标是除杀与假法币有关的人，麦客欣赏红叶的分析力，并确定下一个目标为独爱京剧的邹道海和偏好女色的熊天罡。
邹道海在日本人的假币计划中是个干将，如今摇身一变成了伪上海政府的文化官员，平时好附庸风雅，特别爱好言老板的戏，欲请言老板为日本人唱戏却几次三番在言宝珠处碰壁。
言宝珠宁愿断嗓也不愿意给侵略者唱戏。她的民族气节感染了红叶众人。
红叶等人将目标锁定在言宝珠身上，红叶决定拜访言宝珠，通过言宝珠这条线，不动声色地干掉邹道海，与此同时，藤原薰子也在分析红叶行动队除杀郑名扬后的下一步行动目标的范围，邹道海正在藤原薰子收集的目标范围之内，并得知此时的邹道海正热火朝天地替自己的养父藤原浩张罗京戏贺寿的事。
藤原薰子对父亲让戏子唱戏贺寿之事不以为然，藤原浩告诫薰子，作为一名特工，只有消磨中国人的意志，做到从文化和精神的双重击溃才是真正的成功，因此，让中国人知道像梅老板言老板这样蓄须铭志，断嗓拒唱的民族志士已经放弃抵抗，是对中国人最大的打击。
