国民党保密局专门为上海几千名特务制订、代号为墨斗鱼的潜伏计划从南京武装押运到上海办事处四号档案室，准备在第二天下午五时搭乘军舰送往台湾。
中共上海地下党负责人夏伯明决定连夜实施酝酿已久的“鱼雷方案”，由内线配合专程从江北赶来的林道宏等三位同志在晚上九点整潜入四号档案室，利用对方换岗的短短十分钟，智取墨斗鱼计划，作为方案的核心部分，夏伯明指示以私人侦探身份做掩护的地下党杨振中负责三位同志连夜撤离的工作，整个行动方案的每一个环节丝丝入扣，无懈可击。
负责保卫并于明天下午带员护送墨斗鱼计划的保密局上海办事处处长姜继勋似乎并不担心这份事关“党国复兴大业”和涉及几千名受命潜伏在上海各界的特工人员生命安危的绝密档案，会发生什么闪失，反而在撤离上海的前夜，带领行动科科长伍梦阳等心腹干将外出饮酒作乐，姜继勋的太太白影心也在机要秘书、结拜姐妹的凌云陪同下，在赌馆与人豪赌，赢得了六十万。
几乎不设防的办事处和一场及时雨，为林道宏等人创造了极为有利的条件。
这个平常之夜在八点至九点之间发生了一连串不平常的事。
办事处楼顶的哨兵突然腹泻，探照灯因此垂落在一个点上。
三名蒙面人利用这个机会闯入了四号档案室。
一个黑影人出现在四号档案室对面的住所窗前，举起狙击枪静候三个蒙面人逃离现场的那一刻。
晚上从来不出门的上海忠义堂堂主杜德昆的太太破天荒地坐专车出门，且不带平日寸步不离的贴身保镖，她的专车竟然出现在四号档案室楼下的马路。
保密局1949剧照
更奇怪的是伍梦阳在返回办事处的路上，遭到几名地痞的拦阻并被打昏在地。
当时针指向九点整，钟声响起时，按计扑向四号档案室的林道宏等人突然听到了三声枪响，在鱼雷方案中规定，若出现意外，内线呜三枪发出取消行动的信号。
鱼雷方案在千钧一发之际被迫取消。
墨斗鱼掀起了惊涛骇浪，攻守双方由此在短短的二十个小时内展开了一场斗智斗勇的大决战。
保密局1949第2集剧情介绍夏伯明得知行动受挫大感震惊的同时，又收到了内线被姜继勋调离现场的报告，顿觉这三声枪响绝非偶然，问题肯定出现在内部，在和林道宏紧急磋商应急方案时，方知在上海地下党内部潜伏着由戴笠生前亲自安插的蝉字辈特务，那么，究竟谁是出卖情报、隐藏极深的那只蝉呢?他决定留下参与行动的三名同志，启动只有在鱼雷方案受挫之后、对敌方和内部奸细极具毁灭性打击的预案“黎明行动”，同时将计就计，利用原定的撤离计划，对凡是接触和参与鱼雷方案的人员进行一次试探，锁定那只蝉。
负责撤离工作的杨振中边执行自己的直接领导表舅(夏伯明)安排的任务，边让助手小耗子(包打听)寻找将伍梦阳打昏的几个地痞的下落，他想利用这个机会证实这个伍梦阳是否是自己苦心寻找三年未果的人。
与此同时，姜继勋接到了值班官肖万林的四号档案室被盗的报告，急忙命副处长侯仙舫、伍梦阳、凌云等人迅速赶往办事处，在案发现场四号档案室，姜继勋打开保险箱察看之后，向焦急不安等候在外的众人宣布四号档案室有惊无险，他认定这起盗窃未遂案是共党所为，并判断在办事处内部有共党的内应，严令伍梦阳、凌云、肖万山组成特别行动小组，不惜一切代价，在二十个小时内查出那个内应，绝不能让共党潜伏到台湾去。
伍梦阳虽然欣然领命，但内心异常矛盾，自从自己的直接领导林道远被捕牺牲后，已与党组织失去联络达三年之久，他知道这是里外同志所为，查，必然会造成严重后果，不查，势必让姜继勋证实了对自己的怀疑，就在他左右为难之时，姜继勋告诉他，说有人在一家酒馆抓住了打昏他的地痞，伍梦阳带着肖万山立即前往，姜继勋待伍梦阳离开后，迅速通知了代号为小虫的人。
小耗子领着杨振中赶到酒馆时，那几名地痞已中弹身亡，小耗子想起刚刚离开的几个人，便跟踪而去。杨振中没有向赶过来的伍梦阳解释地痞是谁而杀，只是拿出一张旧照片让伍梦阳辩认，伍梦阳承认站在戴笠旁边的第三个人就是自己，被烧死的是军统机要处处长、资深共党分子林道远，并表示不知是谁向戴笠提供了林道远是共党的情报，杨振中对伍梦阳的坦承深感迷惑，而跟踪别人的小耗子却意外地跟到了杜公馆，发现从酒馆离开的人竟然是杜公馆的保镖。
