赵化民束手无策时田麦穗恰巧出外诊经过，赵化民让田麦穗帮忙治病，但是秋野却阻止。王百会跟王涌泉此时放学回来，看不惯日本人嘴脸的涌泉忍不住跟秋野扭打起来，王怀远正好赶来。
王怀远开始治疗患者，秋野想看清王怀远如何用针，王怀远指示毛驴，毛驴一脚踢开秋野。王怀远对症下药，很快三位患者病情都有所缓解。此时，佐藤俊二出现，道歉之后带走了秋野。田麦穗大胆向王怀远表示她喜欢他，但被王怀远拒绝。
但是其实秋野正是奉了佐藤俊二的命令才带着三个劳工到金石药房故意挑战王怀远的，佐藤俊二旨在进一步了解王怀远的针灸医术，同时探听一件事，这件事就是有关一本名叫《火器医鉴》的古书，佐藤俊二怀疑这本书就在王怀远手里。
田德贵也颠沛流离之后又回到了济南担任城防旅旅长，并且活抓了虎旗军的头目梁鼎山。侯七在这几年重新回到虎旗军，而且在梁鼎山被抓之后，一直留在济南伺机救出梁鼎山，然后他们盯上了田麦穗，准备绑架她以此来要挟田德贵放了梁鼎山，不想遇到了王怀远。
大片刀和侯七在田麦穗回家的路上又一次劫持了她，但又遇到了刘炳才，田麦穗掩护了侯七和大片刀，说他们只是护送她回来的伙计，但是刘炳才敏锐的发觉他们是绑匪，一路追击，谷子肩膀中弹。大片刀跟侯七躲去了王怀远家，涌泉为救他们划伤自己手流血，在众人的掩护下总算是逃脱了刘炳才的搜查。
神医名将第6集剧情介绍从田德贵家回来的王怀远看到侯七等人还在，治疗的时候，大片刀表示他在虎旗军也见过王怀远用过的金针，这让王怀远非常惊讶，小心盘问之后，王怀远发现梁鼎山竟然就是当年杀死自己父亲抢走家传古书《火器医鉴》的土匪的儿子。王怀远气愤的告知大片刀、侯七事情的真相，但是得知田德贵要处死梁鼎山，而《火器医鉴》的下落只要梁鼎山知道，王怀远决定先救下梁鼎山再找他算账。于是大片刀、侯七商量着劫法场。但是劫法场失败，侯七被抓，王怀远在法场上治田德贵的病才保住性命。宋文清带着韩复榘的手谕赶到法场，田德贵无奈只好先关押王怀远跟梁鼎山。
田德贵审讯梁鼎山，是想审问出不久前梁鼎山劫持的中央拨给山东的军费藏在哪里。但是梁鼎山死都不说。银杏和两个孩子为救王怀远起争吵，涌泉因娘的死对爹充满了忿恨。
狱中，王怀远跟梁鼎山说了当年梁鼎山的爹在王家抢书杀人的事。梁鼎山承认古书在他手上，但是只有在自己安全离开监狱才能告诉王怀远，王怀远无奈只好先救梁鼎山，王怀远先是用“指针”帮梁鼎山止血，然后又从牢房石头底下抓了蝎子让梁鼎山服用。
侯七用早就藏在鞋底的铁片，加上自己一身的功夫，成功越狱。
狱中的王怀远倒是并不着急，跟梁鼎山谈完过去的恩怨之后，还断言田德贵会来找他，因为他早就算准了田德贵的头疼病什么时候会犯病。王怀远故意刁难刘炳才，给梁鼎山要来好酒好菜，还要来药品给梁鼎山治伤，缜密的头脑让梁鼎山佩服。
王怀远一开始还是不去给田德贵看病，于是田麦穗亲自到牢房见王怀远，王怀远才答应。用针灸治好了田德贵，王怀远自然被释放。田麦穗送王怀远离开的时候，银杏一直在等，银杏对田麦穗怀有一丝敌意。田德贵放话出，绝不许王怀远娶田麦穗。
神医名将第7集剧情介绍回家之后，王怀远与大片刀、侯七，商量之后得出结论，要救梁鼎山只有一个办法，就是劫狱。
宋文清跟田德贵夜审梁鼎山，依然没有进展，宋文清告诉田德贵，他将会在近几日就带梁鼎山去重庆受审。这让田德贵非常紧张，因为自己就有可能永远找不到那批军饷黄金的所在。
王怀远借去给梁鼎山复诊的机会，跟梁鼎山坦白营救计划，然后趁机观察了监狱附近的形势。在复诊的时候，王怀远在宋文清跟田德贵的谈话中得知，宋文清会很快就把梁鼎山带去重庆，这让营救计划更加急迫。田麦穗跟赵化民找来一张监狱所在的过去的兵营地图，赵化民把地图给了王怀远，找出了监狱的突破口，就是在梁鼎山所在的牢房外面挖一条地道，救出梁鼎山。王怀远非常感激他的帮助。
就在王怀远、赵化民跟大片刀、侯七商量营救计划的时候，宋文清突然到访试探赵化民现在的工作，王怀远跟赵化民都表示只想一心治病救人，不再过问政治。
于是，众人开始分头行动，赵化民带着虎旗军的几个弟兄在外面挖地道，王怀远借复诊之名在监狱里跟梁鼎山会面，并且借此拖住宋文清。到了深夜，王怀远指挥分配侯七跟大片刀分头行动，侯七穿着偷来的田德贵独立旅对头的军服在监狱门口闹事，分散他们的注意力，大片刀跟虎旗军的其他人顺着地道进入牢房，顺利救出了梁鼎山。
梁鼎山被安置在千佛山的一个破庙里暂避。田德贵得知梁鼎山越狱非常气愤，下令封锁全城搜捕，还想把责任推到宋文清头上。
神医名将第8集剧情介绍王怀远出城给梁鼎山诊治，言谈中，梁鼎山告诉王怀远在他的领导下，虎旗军已经不只安于做土匪，梁鼎山更想带着大家走上一条正道，但是苦于没有方向，于是梁鼎山力邀王怀远加入虎旗军，被王怀远严词拒绝，一来是因为梁鼎山跟自己有杀父夺书之恨，二来自己也有家训不得为匪不得做官。二人不欢而散。
佐藤俊二派秋野去王怀远家搜捕，想尽快找到《火器医鉴》，绑架了百会、涌泉做人质，王怀远去找梁鼎山借兵。王怀远、大片刀、侯七等人去找秋野救人，秋野逼王怀远交出古书，王怀远不从，就在秋野准备把百会涌泉下油锅的时候，大片刀、侯七突然出现救下他们，王怀远用“甩针”打瞎了秋野的眼睛，银杏耐不住等待，也去营救，结果为挡子弹被秋野打伤，失血过多。
王怀远带着银杏到田麦穗的仁济诊所治疗，田麦穗诊断银杏必须输血，在场人员里只有侯七的血型与银杏的匹配，侯七以为抽出血之后自己就会死，但是还是毅然愿意为银杏输血，王怀远看到侯七等人的义举，非常感动。
赵化民在这次事件之后，也开始劝说王怀远加入虎旗军，让王怀远非常不解，也有些动摇，赵化民就解释虎旗军并不是单纯意义的土匪，而是一支有改造潜力的队伍。
佐藤俊二告知田德贵，王怀远跟虎旗军勾结打伤打死日本人，让田德贵严惩，田德贵命人抓捕王怀远，王怀远无处藏身，只好暂时离开济南，王怀远把银杏、百会、涌泉托付给田麦穗，自己跟侯七等人突围。
田德贵亲自带人去田麦穗的诊所抓人，为引梁鼎山出来贴出告示，如果梁鼎山三日之内不自首，就杀了百会、涌泉。
虎旗军所在的泰山敖来峰上传来消息，剩余的虎旗军除了忍受瘟疫的折磨之外，还再次受到了保安团沉重的攻击。这让梁鼎山非常担忧山上的弟兄们，梁鼎山交代侯七、大片刀他不在之后一定听王怀远的指挥，将王怀远带上山。梁鼎山趁王怀远不注意，打晕王怀远，独自去找田德贵换人。梁鼎山在虫草带着百会、涌泉走远之后，引爆手榴弹自杀。王怀远醒来得知梁鼎山所为，又愧疚又感激，把儿子托付给了赵化民之后跟大片刀、侯七准备奔赴敖来峰。
