时至今日，有关彭加木的失踪，仍然疑点重重。彭加木跑去罗布泊的目的是什么?他又是如何失踪的呢?一个普通科学家的失踪为何会令政府派出十几架飞机、几十辆汽车、几千人拉网式的寻找呢?
下面是官方与民间关于彭加木失踪案的两个流传版本，经对比可以清晰地发现，官方与民间对于彭加木的失踪解释竟然存在如此大的差距!那，究竟哪一个才是最终真相?
彭加木失踪案的官方版本
1980年5月2日至6月5日，断断续续、曲曲折折，历时一个多月，罗布泊综合科学考察队队长彭加木，率领9名科考队员，冲破重重艰难险阻，第一次由北向南成功纵穿罗布泊，胜利到达罗布泊南岸米兰农场，打破了“无人敢与魔鬼之湖挑战”的神话。
在米兰农场，科考队仅休整了短短的5天，又于6月11日驱车东进继续考察，途中曾遭遇过骇人听闻的沙尘暴和无数次沼泽陷车，还有可怕的迷路。
6月16日傍晚，他们终于艰难地来到罗布泊东岸库木库都克。此时，科考队从米兰农场补充的汽油已因一路多舛消耗无几，带的水也只剩下可怜的十几公斤，而且装在高温下的铁桶里，一周过去，颜色和酱油一般，散发着难闻的铁锈味，根本不能饮用。严重缺油、缺水、缺食物，队员们疲惫不堪、弹尽粮绝、面临绝境、危及生命。
在这生死关头，彭加木于当晚9时半亲自起草，向马兰基地前沿指挥部“720“发出了求救的告急电报：“我们今天20点到达库鲁库多克以西大约十公里，我们缺油和水，请求紧急支援油三百公斤，水五百公斤，现有的水只能维持至十八日。请转告乌市扑获一头小骆驼。”
库鲁库多克?这是什么地方?部队首长一看地图，罗布泊以东根本没有叫“库鲁库多克”的，而是标有“库木库都克”，部队首长断定，彭加木他们遇险就在此处。
“720”指挥部收到电报，翌日晨9时回电：“同意送物资，就地待命。”并要求报告大本营坐标和地形特征。科考队立即回电，报告他们所处的地方为：东经91;北纬40°17′。标志是：地面上插有一杆红旗。部队知道坐标后，马上再次确定，就是库木库都克，决定派直升飞机紧急救援，先送去500公斤水。
可彭加木心里又犯了嘀咕：直升飞机送水，代价太高了。一斤水要十几块钱啊!那个时候的十几块钱等于现在是多少呢?恐怕不止一二百块钱吧!他思之再三，决定亲自出去找水，他自信一定能找到水。
彭加木处变不惊，依旧在冷静分析：从库木库都克这译成汉语为“沙井”的名字看，从在“720”听到军人说库木库都克以东不远的“八一泉”有水的信息看，他想，这个地方一定能找到水源。
彭加木打开自带的军用地图，更让他眼睛一亮，脸上露出了惊喜：地图上离库木库都克不远标有“红八井”、“红十井”，库木库都克又是“沙井”，稍远一点还有“八一泉”，不远处又是疏勒河古河道，因此，他充满信心地断定：附近肯定有水!
6月16日下午，他曾派专搞水文地质的副队长汪文先等出去找水，可汪文先找了几个地方，挖下一米多深，不见丝毫水气。
彭加木不甘心，又带领陈百录等出去找“沙井”，结果，找到的“沙井”只是半间房大小的沙坑而已，滴水皆无。
6月17日队员们正吃早饭时，彭加木又提出，开车往东沿疏勒河谷地去再远一点的地方找水。他的指导思想是：飞机运水，价格昂贵，能给国家节约就节约;另外，不要轻易麻烦部队，这次考察已经给他们增添了不少负担，能自己解决的就尽量自己解决。
更为重要的是，如果发现了宝贵的水源地，就为今后的罗布泊考察提供极大的方便。同时，他从春天拍摄大型记录片《丝绸之路》的影片那里了解到，附近的红十井一带也有水。
彭加木的意见是，不要坐等，应该开车到羊达克、红十井一带去找。为此，他与大家发生了激烈的争执。队员们说，马兰基地部队前线“720”已经回电同意送水，科考队困境已得缓解;另外，开车走那么远，单程就有120多公里，汽油本来已十分紧张，要慎重为好。再说，单车出去也有危险。
彭加木则认为，咱们如果找到水源，部队就没必要用直升飞机花那么大代价送水!
在沉闷的气氛中，彭加木走出帐篷，到越野车里看地图，他还是坚持去找水。心情同样沉重的队员们有的打扑克，有的在帐篷里睡觉。
接近中午，科考队又收到部队电报，说，飞机将于18日往库木库都克送水500公斤，请科考队原地等候。副队长汪文先高兴地拿着电文去报告彭加木，一看队长不在，以为到附近沙包后面去方便，没有在意，便回到了帐篷。
又过去半小时，司机王万轩去车里拿衣服，首先看见了那张摊开的军用地图，但却没有看见彭加木。
王万轩有些疑惑：这张地图彭队长一直随身保管着，是从来不乱放的，今天是怎么啦?他想收起地图，又看见旁边有半张16开带红格的信纸，上面用铅笔写着：“我往东去找水井彭17/6.10：30”
彭加木留下的字条;6月17日的“7”字，还是由“6”字改过来的。显然，这是彭加木的字迹，是他悄悄留下的，然后只身离开了大本营。然而，就是这一句“我往东去找水井”，却成了世人难解的7字之谜!
彭加木失踪案的民间版本
关于彭加木的失踪，民间本版与官方说辞主要不同之处，在于彭加木失踪的原因，双鱼玉佩的不同含义，以及罗布泊内大量丧尸的出现，还有与中国在罗布泊核爆的真正真相……
早在十年动乱之前，大概是1957年到1962年之间，我国大西北地区发生了一些事情，据说当时罗布泊发现了一个古城遗址，一些青年想去淘些古物，后来不知那里发生了什么事情，那些青年死的死，疯的
据说那些疯者看起来像是鬼上身，但又不是。那些疯者行为异常活跃，最后全都筋疲力尽而死，验尸后发现他们身上有未知毒素、胃中残留未知植物，就是因为食用了此植物才使那些幸存者发疯。
这些疯者脚部已经磨烂，也就是说他们毫无知觉。更令人震惊的是，他们带回来了一些拓片和一些古代装饰品的碎片还有一块玉镰)，当时已经开始进行了一些调查，但不够充分。然后文革爆发，国家行政机构实际处于瘫痪状态，此事就搁置了。
文革结束后，军方首先提出继续调查(所以彭加木综合考察队的队员组成其实是很微妙的，主要成员是军队里的一些人，还有很多方面的专家，包括民间的专家，大家可以猜到是什么人。
但最大疑点是文革之前那些去淘古物的青年的出事原因，而又在其胃中发现未知植物，军方将此事故断定为未知生化事故，其实是为了培养特种部队)，所以最后选定为彭加木领队，罗布泊之行的主要任务就是调查古城遗址、事故源头、采集植物标本。
此时只是一个单项调查项目，国家并没有成立专门机构的计划。但是，出人意料的是调查的结果有些匪夷所思，古城遗址找到了，事故竟然再次发生。
他们去了哪里?遇到过什么?这是在当时就列为绝密级的东西，去的时候是大队人马，回来的人却没有几个，这其中还有一人受了重伤，彭加木同志突然失踪只是一个个案而已，之所以被重视是因为一起失踪的还有那神秘的植物标本!
有罗布泊的牧人报告当时出现这种情况：天气发生异常，地表环境有短时间的重大变化，随即又会恢复原状。
虽然彭加木的考察队出现了严重事故，但是也有了重大发现——他们找到了一个基本保持完整的工程设施(很难形容这个设施)，设施里有大量设备，大部分都失效了(或者到目前为止还不知道如何使用)，个别设备的功能被甄别出来了，其中最重要的发现就是——双鱼玉佩。
为什么叫双鱼玉佩?不是因为外形，而是因为研究人员在实验室里初次发现它灵异的功能时，是用一条鱼做实验的时候，玉佩突然启动，一条完全相同的鱼被复制出来!
为什么彭加木失踪了?不是这个人找不到了，而是出现了两个彭加木!在此情况下只能对外宣布彭加木失踪。这只是彭加木消失的一种可能性，关于他消失原因的传闻不计其数，其中可能性最大的就是他晕倒后被风沙掩埋。
1956~1960年之间，新疆出现了大量的镜像人(复制人)，部队和百姓都被复制了。但是，后来毛主席把原子弹的靶场选在那里，直接全部解决了。
50到60年代，罗布泊经常出现异常，经常有目击者发现根本无法用地球科学来解释异类生命，随着影响面的越来越大，政府开始介入，最后由于相互之间的缺乏了解，与某些异类起来冲突。那些异类的一些载具和行动方式根本不是地球人类可以理解的，由于冲突中的被辐射源照过的人会变成无生命特征的生命体。
所以在那个时代精确的对罗布泊常有异类出没的地区进行了几次核爆(对外则宣称是核测试且只引爆了一颗核弹)。
中国核爆问题得到美苏两大国态度大转变式的默许，特别是前苏联的容忍，是因为试爆地不远处的确出现了所谓“闯入者”。
这些所谓的闯入者其实就是被地底深处的细菌感染的生物。美国的一个导演躬逢其会，后来还拍摄了类似的电影。
那个时候出来的沙民(国民党残余)，中国有电影拍过这段事情。他们生产力极顽强，妇女没有血压了还能自然分娩，夜间借助微光即可精确射击，射杀监视的战士。就算一名老年沙民的体力也接近一名年轻的士兵。这批人后来就没有下文了。
后来80年代彭加木率领考察团进入罗布泊，他们前期工作做得非常周密。但最后还是出事，其原因不在彭，而是考察队中出现敌特，且牵涉到高层博弈，所以最后只能放弃对彭的寻找。
但彭一行的目的已经被当时的外媒报道(见亚洲自由之声)渲染了 。后来又进行了多次寻找彭的秘密行动。因为彭警惕到特务的潜入，而他对考察组的不信任导致要独立求援，找水是一个暗号而已。
考察队当时严重缺水，考察队向部队求救要求送水后部队也答应了，但是彭加木却还是坚持一个人外出找水，并且没有和任何队员打招呼，只是在车里面留下一张纸条“我向东去找水井”，就一个人独自走进了茫茫大漠之中。
过了几个小时队员看见彭加木还没有回来，怕他出事，赶快开车沿着他的沿途的脚印去寻找，结果一直找到脚印最终消失的地方也没有找到，后来国家曾经动用军队进行了几次大规模寻找也一无所获，彭加木就这样莫名其妙的在大漠中人间蒸发一般消失的无影无踪，直到今天依然下落不明。
其随身携带的数据也随之湮灭，不过不知道这究竟是好事还是坏事。其实当时的很多问题，现在还没有搞清楚。只能说人心比灵异事件更复杂，有时候很难分清敌友。传说新疆罗布泊是平行宇宙的交错点。 而彭加木是神秘的双鱼玉佩事件的“关键人”……
为什么政府要花那么大的代价去寻找一个生物学家?彭加木到底发现了什么不为人知的秘密?因为彭加木孤身带着所有标本，针对以上种种事件，所以可以有以下推论：彭加木失踪的九种可能：
第一种：被外星人接走(可能性：4%)
第二种：被双鱼玉佩复制后政府为封锁消息而宣布其失踪(可能性：6%)
第三种：被直升机接到原苏联(可能性：6%)
第四种：逃往美国(可能性：9%)
第五种：被与彭加木有分歧的同行人员杀害(可能性：9%)
第六种：迷失方向找不到宿营地(可能性：9%)
第七种：被突然坍塌的雅丹地貌砸住(可能性：9%)
第八种：被狼群吃掉(可能性：12%)
第九种：不幸陷入沼泽被吞没(可能性：18%)
第十种：芦苇包中躲避炎热晕倒，风沙掩埋(可能性：18%)
当时彭加木带领的考察队发现的秘密基地甚至可能是外星人的基地，越推论越可怕，而且整个事件隐约指向一个绝对让人战栗的事实
