戴笠飞机失事，军统派出干员跳伞救援，跳伞者在失事现场为争夺一份戴笠签名的电报底稿而自相残杀，最后一个濒死者用明码将电报底稿的内容向军统总部汇报，消息因此泄露：原来戴笠收买了一个叫宫十一的日本刺客，要刺杀有亲共倾向的漕帮帮主徐德庸。
消息传来，各方反映不一，到底是别有用心的挑拨，还是确有其事?就在军统为之头疼的时候，电报中提到的宫十一和小林觉已经被人从北平监狱释放，而徐德庸也真的遭到了刺杀，两个八路军警卫员为保护他而牺牲。
军统迫于压力，派出特使杜嘉兴赶赴北平彻查此事，而共产党方面也派出保卫专家老丁和警卫员彭克虎赶往北平保护徐德庸。
下车伊始的杜嘉兴不顾北平站代理站长胡晨光的反对，启用了因得罪戴笠而被打入冷宫的军统暗杀高手林家山，但是林家山并不买账，不肯为军统卖命。
神枪手第2集剧情介绍军统北平站对延安方面介入此事很抵触，代理站长胡晨光故意给来登门接洽的八路军办事处刘主任和老丁难堪，闭门不见，而初到北平的彭克虎却愣愣地在军统门前开枪，逼他们出面，随后他又在八办门口假意擦枪走火，吓走了军统的监视哨，刘主任对他这种鲁莽行为提出批评，彭克虎却只认为对军统特务就要以牙还牙，他不肯认错。
徐德庸在报纸上发表抗议，军统出面辟谣，不承认有这样一个暗杀计划，同时加紧寻找接受了暗杀任务的宫十一，他们认为只要作为暗杀筹码的小林觉还在掌握中就能中止这项计划。
神枪手电视剧海报
徐德庸冒着风险去八办参加警卫员的追悼会，却被彭克虎冷嘲热讽，他对徐德庸这个漕帮老大没有好感，也引起了徐家小姐的不满。
杜嘉兴让跟随自己从重庆来北平的机要秘书刘雅芳劝说林家山，刘雅芳曾经是林家山最器重的学生，林家山虽然没有答应出手，却被杜嘉兴拉去北平监狱，核实电报底稿的内容，查找小林觉。
神枪手第3集剧情介绍典狱长是林家山和杜嘉兴的老上司，对他们很热情，但是林家山却从蛛丝马迹中，发现小林觉已经被人掉包，典狱长眼看事情败露，胁持林家山，被杜嘉兴果断击毙。根据对典狱长的助手的审讯，他们去捉拿逃走的小林觉，却晚到一步没有抓到。
林家山去关押宫十一和小林觉的牢房实地考察，找到了捉拿小林觉的线索。在日本人开设的旅馆里，林家山抓住了小林觉，但是小林觉也不知道自己到底为什么被救。
徐德庸的寿宴筹备已久，虽然身处被刺杀的情形下，徐德庸还是不肯取消，徐家小姐徐暖暖担心父亲的安全，她来八办拜访，想请八办派警卫在寿宴上保护父亲，老丁要将彭克虎安排在徐公馆当警卫员，彭克虎反映强烈，坚决不同意。徐家小姐徐暖暖也对这个出言不逊的八路军很看不惯。
林家山与老丁曾在上海一同抗日，此刻听说老丁来了北平，林家山前去探望，对老丁培养出来的彭克虎很不以为然。
神枪手第4集剧情介绍徐府寿宴之时，宫十一在照相机里安装了毒针，化妆成记者混进去，而与此同时，徐德庸的死对头老幺找的杀手也混了进去。
徐府对寿宴防范森严，宫十一扮装的记者因为使用的是别人的请柬而被关押起来。
老幺派出的杀手被彭克虎用燃烧的鞭炮阻挡，而宫十一也杀死看守，混进人群，向徐德庸吹出了照相机里的毒箭，彭克虎用飞刀及时射落了毒箭，宫十一逃走。
军统北平站的代理站长胡晨光找到老幺，严令她不得刺杀徐德庸，老幺假意答应。
徐德庸顺着宫十一所用的请柬去追查，却被宫十一先下手为强，识破了埋伏，杀死了众多漕帮弟子，而军统也顺着宫十一所用请柬的线索追查下去，他们发现了帮主宫十一购买请柬的是一个叫冯五的汉奸，于是开始抓捕此人。
老丁再次要派彭克虎去徐公馆当警卫员，他再次拒绝。
彭克虎跑出八办，来到八年前自己在北平生活时住过的地方，怀念那时的伙伴，却意外地从一伙小乞丐嘴里得知，伙伴中的老幺还活着，而且已经成了北平地下世界里响当当的人物。
神枪手第5集剧情介绍彭克虎同意去徐公馆当警卫员，徐家小姐对八路警卫员的到来很兴奋，她是个有进步思想的大学生，对延安的八路军一直憧憬和向往。不料她等来的警卫员却是她最讨厌的彭克虎，两个人连续发生了几次冲突。
被追捕的冯五偷偷找到老丁，他要老丁帮自己约见徐德庸，要将戴笠刺杀徐德庸的真相卖给他，为了取信于老丁，冯五将有关八路军的情报提供给老丁，老丁答应安排他们在八办见面，但是到了见面的时候冯五却没有出现，他已经被人秘密抓走了，出面审问他的竟然是杜嘉兴，
原来杜嘉兴是戴笠的心腹，他来北平的真实目的就是继续执行戴笠的遗命，务必刺杀徐德庸。
冯五说自己有一本记载着戴笠秘密的日记本，是他的姐夫典狱长留下的，杜嘉兴担心冯五已经向老丁报告了这个秘密，所以急于除掉老丁。
神枪手第6集剧情介绍他找到宫十一提出要求，宫十一却要求先释放小林觉，两个人话不投机，宫十一用催眠的办法，在军统引爆了手榴弹进行威胁，要求军统释放小林觉。
杜嘉兴提出利用释放小林觉的机会伏击宫十一，他们制定了详细的伏击计划，但是计划出了纰漏，小林觉被当场打死，宫十一也逃走了。
实际上，杜嘉兴是使了一个掉包计，把小林觉从军统手中调到了自己的控制之下，他现在有了砝码，可以跟宫十一谈条件了。
老丁和林家山根据对宫十一的了解，决定兵行险着，轮流扮装成徐德庸的样子，出没在宫十一可以远程射击的位置上，同时派出军统的好手，将宫十一可能开枪射击的地方团团围住，彭克虎不信任军统，他坚决反对这个计划，却不被老丁采纳，他很生气，徐暖暖很理解他，安慰他，两个年轻人彼此有了好感。
轮到老丁扮演徐德庸，负责监视宫十一射击点的军统特务却集体脱岗，宫十一得以开枪射杀老丁，彭克虎迁怒于军统和林家山，刘主任怕他莽撞复仇闯祸，禁止他出门。
林家山对老丁被刺杀在自己眼前感到内疚，将宫十一堵在贩卖私枪的小店。
神枪手第7集剧情介绍由于长期酗酒，他错失了射杀宫十一的机会，盛怒之下，他打死了向日本人卖枪的汉奸商人，砸碎了那家店，向江湖道上传递信息，谁帮助日本人，谁就是与军统为敌。
杜嘉兴终于从冯五嘴里逼出了秘密的下落。
林家山去八路军办事处参加老丁的葬礼，被义愤填膺的众人阻拦，彭克虎让进了他，自己为老丁披麻戴孝，在遗像前发出誓言，要为老丁报仇，林家山感到威胁和敌意，想劝却无从劝起。
为了安抚徐德庸，蒋介石派出特使段九锡前来北平，但是段九锡显然另有秘密，他要徐德庸提出戴笠生前贪赃枉法的证据，徐德庸婉拒。
彭克虎从八办偷偷跑出，他到徐公馆，向徐家小姐借到了枪，单枪匹马前往军统北平站外，开枪封锁了大门，以示报复。林家山追捕他，两人在小巷中较量，林家山虽然技高一筹，却没有为难彭克虎，他无法平息彭克虎的怒火，但是他告诉彭克虎，我们面对的是共同的敌人。
回到八办，刘主任狠狠批评了他，并要送他回根据地，因为他知道军统不会善罢甘休，彭克虎留在北平太危险。胡晨光果然带人封锁了八办大门，逼他们交出彭克虎。
神枪手第8集剧情介绍彭克虎不肯让同志们为自己冒险，跑了回来，正在一触即发的时候，林家山赶到，让胡晨光撤兵，他答应要向彭克虎找回军统被打掉的尊严，但是老丁之死军统难逃其疚，所以他要求胡晨光不追究彭克虎。
林家山约了彭克虎较量，让他参观自己教出的学生们表演枪法，不料没有收到应有的效果，反倒被彭克虎劝说，要他弃暗投明去延安教学生，林家山对这个彭克虎无可奈何，他告诉彭克虎，自己知道他的底细，这话引起了彭克虎对过去生活的痛苦回忆。
徐德庸对近期的局势发表了讲话，延安方面也适时邀请他去延安参观，共商和平建国的大计，这引起了国民党的密切，他们授意军统，设法挑拨八路军办事处与徐公馆的矛盾，胡晨光受命，决定把阴谋设在彭克虎身上。徐暖暖要和同学们一起为孤儿举办募捐演出，钟爱女儿的徐德庸要去剧院捧场，这又是一次刺杀的机会。
神枪手第9集剧情介绍老幺的得力助手王锦湘被胡晨光收买，他假借宫十一的名义写信约出了彭克虎，围攻之下打晕了他，将他秘密送进了剧院的后台。彭克虎被勾上脸，他们用来看演出的刘主任的性命做威胁，逼彭克虎上台向徐德庸开枪，彭克虎在危急时刻，决定牺牲自己，他偷偷卸下了枪中的子弹。这时他看到了台下的老幺，他让抓住自己的人去告诉老幺，要彭克虎死不用这么麻烦。他冲上舞台，徐暖暖看到了他，误以为是刺客，拼命抱住他阻拦，而老幺听到他转述的话，也认出了他，她阻拦了王锦湘射向彭克虎的枪，彭克虎借机挟持徐暖暖跑出剧院。
老幺和彭克虎不由自主来到他们当年栖身的地方，一对恩怨旧友再次见面，却发现对当年的时有着巨大的分歧。老幺说彭克虎误会了自己，彭克虎却相信自己的眼睛，他们不欢而散。
徐德庸将参与戏院刺杀的人一一捉拿，他们供出是老幺的手下，徐德庸切下他们的手指送给老幺，又遍邀北平的江湖人物，一起向老幺讨个说法，老幺硬着头皮前去，徐德庸一定要逼出那个在舞台上勾脸拿枪的人是谁，老幺坚不肯说，为了平息此事，王锦湘开枪自杀。
神枪手第10集剧情介绍林家山怀疑舞台上的刺客就是彭克虎，他找到彭克虎试探，彭克虎一口否认。
八路军办事处也对这次刺杀事件有所怀疑，刘主任找彭克虎谈话，彭克虎将此事原原本本坦白汇报，当刘主任得知他准备牺牲性命也要救下徐德庸和自己时，很是感动，表扬了他。
林家山从戏院现场拍摄的照片中终于找到了证据，他带人去徐公馆找彭克虎对峙，彭克虎还是不肯承认，徐暖暖说自己曾经近距离地抱住过那个刺客，所以能试出彭克虎是不是刺客。她把自己和彭克虎装扮成那日的样子，也象那天一样抱住了彭克虎---她立刻就确定了彭克虎就是刺客，但是她却告诉大家，彭克虎不是。
私下里，徐暖暖告诉彭克虎，自己虽然能肯定他就是刺客，但是不相信他是来害自己的爸爸的，所以她要知道真相，彭克虎也相信徐暖暖的善良，他讲述了前因后果。胡晨光接到了段九锡的长途电话，指示他设法从徐公馆里偷出戴笠当年贪赃枉法的证据，胡晨光把这当成是投靠上层的机会，他让自己的情人老幺出手，老幺逼徐根生偷出了那些证据。
徐德庸对彭克虎将信将疑，又担心女儿对一个土八路动了感情，于是找个理由将彭克虎退回了八办，彭克虎认为受到了屈辱，而徐暖暖也因此一气之下躲了起来。
徐德庸找不到女儿，方寸大乱，他想八办问讯，彭克虎猜到徐暖暖可能会躲在假山后面—因为那里是徐暖暖小时候和妈妈最喜欢的地方，而她受了委屈后最喜欢到那里去，徐家的人果然在那里找到了徐暖暖，彭克虎又及时让大家熄灭了灯笼---他的直觉并没有错，宫十一刺客正潜伏在徐公馆外，准备趁机给顾不上防范的徐德庸一枪，灯笼的熄灭，挽救了徐德庸。
神枪手第11集剧情介绍经此一番周折，徐暖暖本来还很朦胧的感情一下被挑明了，她意识到自己真的喜欢上那个愣头愣脑的八路军了。
她开始喜欢借故和彭克虎在一起，而最出格的一件事，是她想请彭克虎帮自己，找出徐公馆的内奸来，他们制定了一个计划。
一个神秘的蒙面女人向日本人提出抗议，认为他们推崇的第一杀手宫十一名不副实，几次刺杀都不成功，日本人说，针对徐德庸的又一次行动马上就开始了。
果然，彭克虎化装成徐德庸，与徐暖暖一起出行，本是为了确定谁会是泄露行踪的内奸，不料车队却遭到了光天化日之下的伏击，而更可怕的是，由于大部分人被带了出来，徐公馆防守空虚，宫十一顺利地闯了进去。
徐德庸及时躲进密室，宫十一将煤油倒进密室准备烧死徐德庸，幸得林家山及时出现，他开枪打伤了宫十一，他的血又浇灭了已经点燃的火柴，徐德庸才得以幸免。林家山带着彭克虎沿着血迹追踪宫十一，发现了他栖身的中药铺，林家山看到砂锅里还炖着鸡，不由得得意地吃喝着，彭克虎却心细如发，觉察出这是个圈套，及时阻止林家山喝酒，那酒果然有毒，林家山开始不寒而栗，认为宫十一在逃命的时候还不忘给自己设一个圈套，实在是劲敌。
神枪手第12集剧情介绍徐德庸虽然幸免，但是却因此陷入了巨大的恐惧当中，更重要的是，他发现藏在保险柜里的戴笠的证据已经不在了，更相信身边有内奸，他授意徐根生在徐公馆大肆调查，一定要找出内奸，徐公馆一时人心惶惶，终于，怀疑落到了彭克虎身上，徐根生说出了彭克虎的身份，原来他就是八年前曾杀死过徐德庸的爱妻，又被徐德庸派人剿灭的杀手组织七小对的残存份子，徐德庸起了杀心，他让徐根生务必问出七小对中另一个逃走的老幺到底在哪里，彭克虎坚决不说，愿意把前仇旧恨一力承担。徐暖暖面对杀母之仇，不知所措。彭克虎受到拷打，而徐暖暖也做出了选择，她通知了八办来救彭克虎。
刘主任得知彭克虎被无辜怀疑和拷打，大怒，他上门要人，不料徐德庸也态度强硬，一定要彭克虎说出老幺的下落才肯放人，刘主任去斡旋，老幺得知彭克虎的事，单枪匹马前去徐公馆，她承认自己就是徐德庸找了好几年的老幺。
神枪手第13集剧情介绍她拿出徐根生交给自己的戴笠的证据，交换彭克虎。徐德庸答应下来，放出了彭克虎。
胡晨光得知已经到手的证据又被还了回去，很是生气，老幺说出了与徐德庸的恩怨，决意以后摆明车马与徐德庸对着干，那份证据，她也会设法再次搞到。
因彭克虎被拷打造成的八办与徐公馆的矛盾在持续，徐暖暖首当其冲地感受到了痛苦，她试图去找彭克虎，却又被徐德庸阻拦。一对年轻人的情感受到了折磨与考验。她终于找到机会偷偷跑了出去。
神枪手第14集剧情介绍连续挫折，使得日本人也更加重视，他们搜罗了一批散落在民间的日本逃兵和浪人，准备强攻徐公馆。
林家山惜才，想把彭克虎收到军统麾下，他投其所好，让彭克虎来军统靶场玩枪，不料彭克虎识破了他的算盘，玩够了枪之后，抢先邀请林家山去延安，林家山哭笑不得，他告诉彭克虎，宫十一身上的毒针今日就要发作，他搞不到解药，很可能会垂死挣扎，徐德庸今天最危险，他约彭克虎一起去保护徐德庸，彭克虎记恨徐德庸对自己的拷打，勉强答应只在徐公馆外面呼应林家山。
杜嘉兴得知林家山与彭克虎去保护徐德庸了，他紧急找到日本人要求撤销行动，但是已经来不及了，他又为日本人出谋划策，临时绑架了林家山最在意的女助手，林家山接到电话，不得不放弃保护，彭克虎只得出面，挑起保护的大旗。
日本人果然强攻徐公馆，徐德庸危在旦夕，彭克虎不顾生死地保护他，而林家山也克制了对女助手的担忧，回头参展，两人合力，终于打退了进攻，还生擒了宫十一。
宫十一被关进了军统监狱，他却告诉彭克虎，自己知道老丁是为什么而死的，但是他要求先注射解药，为了得知杀害老丁的人是谁，彭克虎掏枪逼迫军统的人拿出解药来，众人看着装若疯狂的彭克虎，只得拿来了解药，宫十一要求等天明之后，解药奏效了再说出名字来，为了避免纰漏，彭克虎守在监狱里。夜半时分，杜嘉兴丢进一个麻醉药瓶，迷烟迷倒了彭克虎，他让宫十一带走彭克虎，又用彭克虎的飞刀杀死警卫，彭克虎作为劫牢的汉奸受到了通缉，而此时的他却在宫十一手中，命悬一线。
神枪手第15集剧情介绍徐暖暖得知彭克虎受到通缉，她逃出徐公馆，却发现八办已经被军统特务包围，无奈之下，她去找老幺，请她救彭克虎。
老幺认为这是胡晨光在针对彭克虎搞的阴谋，胡晨光也大呼冤枉，他亲眼看到了彭克虎掏枪逼大家给宫十一解药，又有杀死卫兵的飞刀为证，彭克虎怎么会是无辜的?
徐暖暖回到家里，心力交瘁，病倒了。
彭克虎和宫十一斗智斗力，终于找到机会逃走。他在筋疲力尽中被搜捕他的军统抓住，他挣扎着说出了宫十一的下落，但是宫十一早已转移，林家山相信彭克虎的话，但是他不知道宫十一为什么会跑到遥远的郊外去。胡晨光和杜嘉兴密谋，利用测谎机来谋害彭克虎，彭克虎虽然侥幸未死，却被电火花烧伤了眼睛。
神枪手第16集剧情介绍徐德庸带着女儿去老家扫墓，老幺趁机潜入徐公馆偷那些得而复失的资料。
而林家山得知消息查对扫墓的路线，才发现哪正是宫十一去的地方，他肯定这是有关联的，他带人追去，却已经来不及了，徐公馆的车被宫十一的人打得稀巴烂。
然而诡异的是，徐德庸和徐暖暖却毫发无伤地回到了徐公馆，差点把老幺堵在屋子里。
彭克虎眼睛受伤，担心自己成不了神枪手，心情郁郁。
神枪手第17集剧情介绍林家山几次来探望，试图恢复他的信心。他象老丁一样管教着彭克虎，又带他去演讲现场，教他用心去看，彭克虎恢复了活力，他让徐暖暖把自己扶到门口，眼睛蒙着纱布，向门口监视的特务们开枪射击，枪枪从他们耳边身边擦过，特务们搞不清他到底能不能看见，恐慌得一逃而空。徐德庸发现自己事先布置的机关被人触动过了，他知道府里又出了内奸。
胡晨光得知徐德庸没有死的原因是他在途中换了车，投石问路。
日本人把再次刺杀的机会定在了一次演讲集会上。
彭克虎重返徐公馆，徐暖暖和他的感情发展迅速，这时，她一向喜爱的胖厨师却意外身死，徐暖暖曾一次次逼他去八办学习做彭克虎爱吃的饭菜，此刻看他身死，很是内疚，也因此与彭克虎产生了嫌隙。
神枪手第18集剧情介绍杜嘉兴为他一直囚禁着的小林觉拍了照片，然后拿着照片与日本人摊牌，定下了刺杀徐德庸后交换小林觉的条款。
围绕着演讲集会，日本人和军统都开始忙碌，他们都将此次作为刺杀徐德庸的重要集会，由于军统的努力，日本人提前埋藏在演讲大厅的炸弹被找到并排除，但是他们并不知道，这些炸弹其实只是障眼法，日本人压根就没有打算在演讲大厅里实施刺杀，他们把刺杀地点放在一条僻静街道，而杜嘉兴负责通知徐德庸的司机，一旦演讲现场出现意外，就把徐德庸的车开到那条街道上去。彭克虎赶到演讲现场，但是他没有去守在徐德庸身边，他想借这个集会抓住宫十一，意外果然发生，徐德庸按照计划撤离，但是撤离路线却是一条死亡之路。
徐德庸的坐车被伏击，他被打死。
闻声赶来的徐暖暖看到了父亲的尸体，痛苦异常。
林家山和彭克虎借机发现了宫十一的痕迹，他们追踪下去，终于联手击毙了宫十一。
神枪手第19集剧情介绍被杜嘉兴释放的小林觉回到了日本人中间，日本人却恭敬地叫出他另外一个名字，那才是他的真名，他是日本的细菌武器专家，也是美国人在战后首要通缉的人。日本人要拥戴他来执行一项焦土计划。
徐德庸猝死，各地漕帮老大纷纷来北平，表面上是祭奠，骨子里却惦记着争夺漕帮大权，徐根生施展手段，借助徐暖暖的身份捍卫着大权。他出示了徐德庸的遗嘱，漕帮大权暂时由他选定的女婿彭克虎接任。
实际上，徐德庸并没有死，死在枪下的那个人是徐根生为他找的替身，当初胖厨师之死，也是因为撞破了替身之秘密。徐德庸躲藏起来，指挥了徐根生应付各路人马。
为了避免彭克虎卷入江湖门派之争的麻烦，刘主任安排他连夜坐火车回根据地复命。
胡晨光和林家山交流，发现林家山一直在怀疑死的那个不是徐德庸，为了逼出徐德庸，胡晨光要导演一场开棺验尸的闹剧。彭克虎得到讯息，他赶到徐公馆，阻止了开棺验尸。
徐暖暖也知道父亲没有死，她知道父亲假死是为了继续力量，和那些想害死自己的人算总帐，于是她也来劝彭克虎离开北平，免得他被殃及池鱼。
神枪手第20集剧情介绍彭克虎看到这种情况，反而觉得蹊跷，他卖掉了徐暖暖给他买的火车票，再次回到八办，他到底要看看会发生什么。
日本人已经开始按部就班地实施焦土计划了，他们发现杜嘉兴正在到处寻找他们，原来小林觉的真实身份已经被杜嘉兴知道了，他担心自己放走了可怕的敌人，所以想再次找到他。
徐根生终于从老幺手里拿回了自己的把柄，他匆忙销毁了把柄，反而引起了老幺的怀疑，因为那些把柄只有在徐德庸还活着的前提下才有威胁，徐根生为什么这么急切哪?
徐根生来向老幺告密，说出了徐德庸藏身之处，徐德庸利用假死的空闲，调用秘密培养的势力，在重庆不断挑起事端，酝酿着反抗的力量，军统高层严令杜嘉兴要控制局面。
神枪手第21集剧情介绍日本人执行焦土计划，需要占用羊肉胡同的一处宅子，那里是日本人当年的细菌研究所，小林觉的研究成果还藏在那里的密道中，为了得到这处宅子，日本人再次约见了杜嘉兴，而杜嘉兴此刻也急需日本人帮忙，于是一拍即合。
徐德庸设下埋伏准备将暗害自己的力量消灭，不料带人来杀他的竟然是徐根生。原来徐根生早就觊觎帮主之位，想要篡夺位置，他鼓动几个有野心的分舵主出面叛乱，却被徐德庸无情粉碎。徐德庸带着徐根生，途中却被老幺带人拦截，他们开枪打死徐根生，劫走了徐德庸。
他们在徐德庸随身携带的箱子里没有发现那份戴笠证据，于是关押起他来，胁迫他交出证据。
神枪手第22集剧情介绍彭克虎想老幺表明心际，说服她释放徐德庸，他们匆忙赶到关押徐德庸的地方，却发现徐德庸刚刚被胡晨光带走。
彭克虎找胡晨光要人，胡晨光逼彭克虎交出证据---那些证据早就被徐德庸转移给了彭克虎。彭克虎准备拿证据换人，林家山则出面阻止，建议他让胡晨光彻底暴露。他们设计保住了证据，救出了徐德庸，看完了那些证据，林家山很痛苦，他心目中的军统形象再次蒙尘。
徐德庸其实已经和重庆派来的特使廉主任建立了练习，廉主任受命调查军统内部有人涉嫌伤害徐德庸的案子，徐德庸让他亲眼看到了胡晨光和杜嘉兴对自己的迫害，廉主任出面扣押了这两个人。
老幺为救胡晨光，冒险潜入八办偷那些证据，却被抓住，彭克虎向刘主任求情放了她。不料等老幺回到家，却发现胡晨光为保住自己的位置，已经做好了和老幺一刀两断划清界限的准备，老幺很伤心。在杜嘉兴帮助下，日本人进了羊肉胡同，拿到了以前培养的菌苗，为了试验菌苗的活性，他们在一具被他们杀死的中国人身上布下了菌苗，很快蔓延起来，由于有强烈传染性，羊肉胡同被全面封锁起来。
神枪手第23集剧情介绍廉主任也提出了自己的条件，希望徐德庸公开发表支持蒋介石的声明。
徐德庸向刘主任求教，刘主任指出了这份声明的危害，徐德庸经过思考，决定拒绝发表声明，刘主任提醒他要小心廉主任狗急跳墙，徐德庸不以为然，他认为国民党内部争权夺利，正好方便自己游刃有余。羊肉胡同的瘟疫流行，北平人人自危，徐德庸让彭克虎把一些钱送到某处，彭克虎发现那里的人是死里逃生东躲西藏的徐根生。
廉主任被拒绝，立刻释放了杜嘉兴和胡晨光，给他们的任务就是摧毁不为所用的徐德庸。
杜嘉兴和胡晨光这才得知，他们两个的顶头上司已经投靠了廉主任的麾下，于是立刻开始精心谋划，他们将伪造的证据放进了羊肉胡同
神枪手第24集剧情介绍林家山在调查羊肉胡同细菌案件时发现了一份日本人给汉奸授勋的名单，上面赫然有徐德庸的名字，根据名单，军统突击搜查了徐公馆，当然又发现了胡晨光准备的另一份证据——一枚货真价实的日本勋章，两相对照，徐德庸坐实了是一个曾接受过日本勋章的秘密汉奸的事被披露，他将被以汉奸罪惩处。
对于徐德庸是否是汉奸，彭克虎找老幺询问，却无意间说出徐根生还活着的事情，老幺如获至宝，不动声色地敷衍着彭克虎。
徐德庸相信自己是无辜的，他决定接受审判，但是让他没有想到的是，徐根生竟然作为证人出现在法庭，还当堂指正他是汉奸。彭克虎这才知道是自己泄露了徐根生的消息而被老幺利用，他给了老幺一个耳光，声言一刀两断。
徐德庸被押上囚车，他事先安排的劫车行动如期展开，徐根生被他亲手杀死。他消失在茫茫人海中，所有的人都在急切地寻找着他。
神枪手第25集剧情介绍徐德庸所图甚大，他要光明正大地洗清自己的冤枉，利用手里的秘密势力，他发现并突袭了日本人的秘密基地，小林觉和日本头子仅以身免。徐德庸要约见段九锡，意在利用他和军统高层之间的矛盾，驱狼伺虎，在夹缝中求生存。
彭克虎和徐暖暖演了一场闹别扭翻脸的戏，成功引出了徐德庸，八办的刘主任向他提出警告，在利益面前，反动势力会沆瀣一气，但是徐德庸没有引起警惕。胡晨光按照段九锡的命令，布下了消灭徐德庸的圈套，而林家山觉察了阴谋，及时向彭克虎示警，两个人一起赶往埋伏现场，在乱枪之中救下了遇伏受伤的徐德庸。
彭克虎将杜嘉兴逼到了死路，但是林家山却救下他，他向彭克虎要求放杜嘉兴一马，杜嘉兴假意感激，答应回军统就自首。
神枪手第26集剧情介绍但是杜嘉兴却另有安排，林家山一回到军统，就被当做是投靠共产党的罪人抓捕，林家山失望愤怒，寻机逃走。
徐德庸藏身在八路军办事处，彭克虎提出要求老幺帮忙，让老幺作证来洗刷他的冤枉。
老幺要与胡晨光成亲了，彭克虎来找她，老幺说出了真相，原来那枚诬陷徐德庸的日本勋章是老幺当铺里的死当，她将证明的账册交给了彭克虎。
胡晨光因此暴跳如雷。
徐德庸拿到了账册，胸有成竹，他找到法院，要求重审。
军统头子卓文用林家山的女助手的性命相威胁，逼他在审判大会上射杀徐德庸，林家山进退两难。杜嘉兴向上司提出质疑，发生了冲突。
林家山的女助手落入了日本人手里，被当做细菌试验的对象注射了细菌。杜嘉兴因为天良发现而赶来救她，也感染了日本人的细菌。
神枪手第27集剧情介绍林家山来到审判现场，虽然举枪瞄准了徐德庸，却一直在犹豫，这时彭克虎出现，他如释重负。然而这时审判现场又出现了意外，在老幺交给徐德庸的那本账册上早被胡晨光做了手脚，胡晨光指使手下检举徐德庸伪造证据，当堂检验确有此事，徐德庸再次被收监，自投罗网。
彭克虎认为自己再次上了老幺的当，他上门找到老幺，怒火万丈，一刀两断。
刘小姐死在日本人的细菌之下，林家山悲痛欲绝，而杜嘉兴也在弥留之际，揭露了军统高层卓文是这一切的幕后黑手，林家山决定用自己的办法伸张正义。
胡晨光觉察了林家山的行动，他全力阻止，林家山只得放弃从军统得到帮助的打算。
胡晨光利用徐德庸做筹码，要求得到那个念兹在兹的戴笠罪证，徐暖暖只得把那箱子证据交给了他。胡晨光把箱子送给段九锡，以图作为自己改换门庭的筹码，不料段九锡已经和自己的顶头上司结成了联盟，胡晨光里外不是人了，他随机应变，向卓文下跪求饶，挣扎在两个高层中间，苦不堪言。
林家山找到彭克虎帮忙，两个人联手，终于将卓文刺杀于重重保护之下。
神枪手第28集剧情介绍(大结局)卓文之死，暴露出了他与日本人的勾结，日本人正在执行的焦土计划也暴露在世人面前，胡晨光虽然贪恋官位，但是也知道轻重，他向段九锡反映，但此时的国民党正磨刀霍霍准备发动内战，顾不上关心此事。
段九锡逼胡晨光杀了徐德庸，胡晨光用自己的情感打动老幺，让她去和徐德庸和解，老幺找到彭克虎，要求彭克虎给她安排一个和解的机会，彭克虎再次相信了她，为她安排了和徐德庸的见面，然而还是伏兵四起，胡晨光派出的精锐利用这机会要制徐德庸于死地，彭克虎又气又惊，用身体挡住徐德庸，老幺知道自己又上了胡晨光的当，她扑向彭克虎，被乱枪打中，垂死之际，她让彭克虎饶胡晨光一命，因为自己有了胡晨光的孩子，胡晨光功亏一篑，又亲眼看到老幺之死，痛悔交加，疯了。
形势急剧恶化，八路军办事处要撤离北平，彭克虎和林家山去摧毁了日本人日益壮大的细菌基地，从疯狂的小林觉手中救下了北平。
了无牵挂的林家山选择了去根据地开始新的人生，徐暖暖也偷偷离开家，追随彭克虎撤离，她给爸爸徐德庸留下书信，相约在新中国相见。(全剧终)
